Geschäftsführer Vicente Casado ließ am Mittwochmittag über den Twitter-Account des Klubs aus Andalusien mitteilen: "Wir werden offiziell Protest bei der UEFA einlegen." Gegenüber spanischen Medien begründete Casado: "Das Niveau des Schiedsrichters war nicht so wie es ein Viertelfinale verdient gehabt hätte."
In der Nachspielzeit hatte der FC Malaga innerhalb von 69 Sekunden zwei Gegentore kassiert. Beim entscheidenden dritten Treffer der Dortmunder hatte Torschütze Felipe Santana (90.+2) im Abseits gestanden. Der schottische Schiedsrichter Craig Thomson hatte das Tor aber anerkannt.